นารูโตะ, ชิโนโมะระ และซากุระ ได้รับมอบหมายให้ทำภารกิจลับ: สืบหาความลับเกี่ยวกับ หินศักดิ์สิทธิ์ วัตถุล้ำค่าที่ซ่อนพลังมหาศาลไว้ภายใน ระหว่างทาง พวกเขาได้พบกับ เทมาริ นินจาจากหมู่บ้านทราย และ ชิโน นินจาจากหมู่บ้านหมอก พวกเขาต้องร่วมมือกันเพื่อต่อสู้กับ คาซุฮิ นินจาผู้ทรยศที่ต้องการใช้พลังของหินศักดิ์สิทธิ์เพื่อทำลายล้างโลก