สี่สิบสองปีหลังจากการมาเยือนโตเกียวครั้งแรก โมธรากลับมาเพื่อเตือนมนุษย์ว่าต้องส่งคืนเมคาโกจิราและกระดูกของโกจิลลาคืนสู่ทะเล เพราะอย่าไปรบกวนผู้ตาย หากไม่ทำเช่นนั้นจะเกิดผลเสียหายอย่างใหญ่หลวง แต่ทว่า โกจิลลายังคงสร้างความโกลาหลอีกครั้ง และเมคาโกจิรากลายเป็นปราการด่านสุดท้ายของญี่ปุ่น