เมื่อฮอกวอตส์เปิดภาคเรียนใหม่ แฮร์รี่ พอตเตอร์ กลับต้องเผชิญกับเหตุการณ์ลึกลับอีกครั้ง เมื่อมีนักเรียนถูกสาปกลายเป็นหิน และมีเสียงกระซิบแปลกๆ ลอยมาตามผนังกำแพง เขาและเพื่อนรัก รอน กับ เฮอร์ไมโอนี่ เริ่มสืบหาความจริงที่เกี่ยวข้องกับ "ห้องแห่งความลับ" ซึ่งว่ากันว่าเคยถูกเปิดมาแล้วในอดีต
แฮร์รี่พบว่าเขาสามารถพูดคุยกับงูได้ ทำให้หลายคนสงสัยว่าเขาอาจเป็น "ทายาทของซัลลาซาร์ สลิธีริน" ผู้สร้างห้องแห่งความลับ ความลับดำมืดค่อยๆ ถูกเปิดเผย นำไปสู่การเผชิญหน้ากับสัตว์ประหลาดในตำนาน และการเปิดโปงเบื้องหลังตัวการที่อยู่เบื้องหลังทุกอย่าง
ในที่สุด แฮร์รี่ต้องพึ่งพาความกล้าหาญ ไหวพริบ และความภักดีของเพื่อน เพื่อหยุดยั้งภัยร้ายที่คุกคามโรงเรียนก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินไป